Unos años después de la guerra civil española, Ofelia se mudará junto a su madre embarazada a un pequeño pueblo del norte del país en el que vive el nuevo esposo de ésta, el cruel capitán Vidal, quien tiene la misión de eliminar a los últimos sobrevivientes de la resistencia republicana. Una noche, Ofelia descubre las ruinas de un laberinto donde conoce a un fauno que le revela que ella es en realidad la encarnación de la princesa del reino subterráneo y le anuncia que deberá completar tres pruebas para poder regresar a él.